A Gerência de Vigilância das Infecções Sexualmente Transmissíveis (IST), Aids e Hepatites Virais, é responsável por planejar, orientar, coordenar e supervisionar as atividades de Vigilância Epidemiológica das hepatites B e C, sífilis, infecção por HIV/Aids e outras ISTs, assim como analisar dados referentes ao perfil epidemiológico dessas doenças.

A gerência também realiza as ações de distribuição de preservativos masculino e feminino e gel lubrificante para as unidades de saúde de todo o Estado de Santa Catarina, e também de medicamentos para aids, infecções oportunistas, lipodistrofia e fórmula infantil para crianças expostas ao HIV.